癌藥所整合所內大小分子新藥研發教師與藥學院, 校內生技醫藥商品化中心共同合作，成立藥物研發特色研究團隊，以Drug Discovery, Pre-Clinical Stage, 和 Clinical Stage藥物設計方向為主：
1. Drug Discovery
由本所新藥研發潘秀玲教授研發團隊結合所內皇甫維君副教授和許凱程副教授，以及生技醫藥商品化中心黃瀚立助研究員等教師研發標靶藥物作用於癌症和神經退化性疾病。
2. Pre-Clinical Stage
特色團隊中已有二項標靶藥物進入臨床前試驗階段, 分別為閻雲教授研究團隊所研發之抗癌標靶藥物ubiquitin E3 ligase 抑制劑, 此計劃已獲得科技部產學合作 7000 萬和價創計畫 3500 萬補助經費, 已於 2020 年申請 IND. 另外, 由潘秀玲教授研發團隊所研發之抗癌標靶藥物HDAC6抑制劑，此計劃已獲得衛福部 3600 萬和科技部育苗計畫 3000 萬補助經費, 預計 2022 年完成 IND 申請, 進入第一期臨床試驗。
3. Clinical Stage
本特色團隊研發抗癌藥物HDAC抑制劑MPT0E028通過美國(FDA)及台灣食品藥物管理局(TFDA)第一期人體臨床試驗許可已進入第一期臨床試驗，預計 2019 完成第一期人體臨床試驗, 於 2021 年進入第二期臨床試驗。